Il Chiostro è situato alla destra della chiesa, fu edificato sotto la dominazione angioina per opera dell'architetto fiorentino Giovanni Antonio Dosio e continuato poi dal Fanzago. Molto luminoso e pieno di fiori, è composto da sessantaquattro colonne, in un angolo vi è anche un piccolo cimitero dei monaci, mentre dall'altro angolo si accede alla Pinacoteca.